Todo comienza desde el año 1956 cuando el Comité Departamental de cafeteros de caldas creó un centro educativo de enseñanza básica primaria como una contribución a los campesinos de la región, llamado Centro Docente “La Bella”, siendo nombrado como director académico Baudilio Montoya y como director técnico Jorge Sánchez.

El día 27 de septiembre de 1965 Baudilio Montoya, creador de la imaginaria universidad de La Bella, muere.

En el año 1966 se inició la creación del primero de bachillerato agrícola mixto.

En 1969 se retiró Jorge Sánchez y fue remplazado por Luis Alberto Franco Salazar, quien inicia un período largo consiguiendo la aprobación hasta Cuarto Vocacional Agrícola, otorgando el título a los estudiantes varones de Práctico Agrícola y a las niñas en Promoción Social. Cabe destacar, que para la aprobación del bachillerato agrícola se recibió la visita de los supervisores de educación nacional, departamental y municipal obteniendo un gran puntaje donde el Ministerio de Educación Nacional lo aprobó.

En este mismo año el Comité de Cafeteros compró un lote que medía siete cuadras donde los estudiantes tendrían más terreno para las prácticas agrícolas, igualmente se inició con el acondicionamiento de las instalaciones locativas, construcción aula máxima, restaurante, pavimentación de los patios, cancha múltiple, baños y sanitarios.

Para el año 1980 fue culminado   con éxito la creación y aprobación del Bachillerato Agropecuario y de Promoción Social. De igual forma se realiza convenio entre la Secretaria de Educación Departamental y el Comité de Cafeteros y en 1981 se crea el cargo de rector en la persona de Arcadio Flórez Rodríguez, iniciando así una reorganización en todos los aspectos tanto académicos como técnicos de la institución.

La Institución Educativa Baudilio Montoya se constituyó como tal a través de la Resolución número 500 del 3 de septiembre de 2003 de la Secretaria de Educación Departamental incluyendo al Baudilio Montoya, como sede central y como subsedes: La Albania, La Granja y Potosí. Posteriormente mediante Decreto 000024 del 10 de enero de 2008 se anexan las sedes Teresa Galindo y La Estrella, por considerarse que reúnen las características exigidas en el artículo 92 de la ley 715.

La historia académica de la Institución ha sido direccionada a través de las diferentes normas expedidas por las autoridades educativas nacionales, departamentales y municipales. Los procesos académicos están orientados al alcance de altos niveles de calidad, por lo que el plan de estudios ha tenido varios cambios, hasta llegar al actual. En todos se ha buscado integrar la eficiencia, la eficacia y la productividad, sin permanecer estático, ya que su proceso de actualización y mejoramiento es permanente y continuo.

Gracias a ello, se puede mencionar como logros institucionales los siguientes:

• Inclusión en el primer concurso “los mejores 200 PEI del país” del M.E.N.
• Inclusión en el segundo concurso “los mejores PEI del país” del M.E.N.
• Primer puesto en el concurso “El Mejor Maestro” del M.E.N. con Ligia Esther Aldana.
• Nominación y obtención de la condecoración “Excelencia Educativa” a nivel departamental, del señor rector Arcadio Flores Rodríguez, en dos oportunidades.
• Nominación y obtención de la condecoración “Excelencia Educativa” a nivel departamental y municipal, del docente Humberto Zuleta Agudelo.
• Nominación y obtención de la medalla “Simón Bolívar” del M.E.N. al rector Arcadio Flores Rodríguez, como uno de los 4 mejores rectores del país.
• Nominación y obtención de la condecoración “Excelencia Educativa” a nivel municipal, del docente Luís Arnoldo Jiménez Giraldo.
• Nominación y obtención de la medalla “Excelencia Educativa” a la Institución como la mejor del municipio de Calarcá.
• Nominación y obtención de la condecoración “Excelencia Educativa” a nivel municipal, del docente Leonel Hernández Correa.
• Campeones municipales y departamentales en varias oportunidades, en las disciplinas deportivas de Baloncesto femenino y masculino en la categoría infantil y juvenil.
• Primera institución en alcanzar - a nivel municipal -, desempeño alto en pruebas ICFES.
• Posicionamiento municipal y departamental como la mejor institución de su especialidad.
• Primera institución en establecer convenios directos con el SENA en la cadena de formación profesional.
• Participación en la convocatoria de proyectos de innovación social para el nivel de media técnica, en donde fue seleccionado dentro de los 12 mejores proyectos del departamento con maquinaria y equipo 2015.
• Gestión y ejecución de la infraestructura para el Laboratorio pedagógico de de automatización y transformación de materias primas 2016.
• Primera institución en establecer convenio específico con la Universidad del Quindío en la facultad de Ciencias Agroindustriales, con el reconocimiento de 38 créditos al estudiantado para continuar su formación profesional en los programas académicos de esta facultad (Tecnología agroindustrial y Tecnología Agropecuaria).
• Participación en el evento ONDAS- COLCIENCIAS municipal realizado en la institución educativa ROBLEDO municipio de Calarcá 2015.
• Primer puesto en proyecto ONDAS “Lombricultivo” a nivel municipal y departamental año 2015.
• Publicación de libro “El impacto del modelo de aprendizaje experiencial como soporte en los procesos transversales”. Registrado en la Dirección Nacional de Derechos de autor el 10 de noviembre de 2015
• Primer puesto línea emprenderismo, proyecto FRUTA EN TROZOS RECUBIERTO EN ALOE VERA 2016.
• Participación a nivel departamental EVENTO, realizado en la universidad del Quindío, municipio de Armenia. Primer puesto línea emprenderismo, proyecto FRUTA EN TROZOS RECUBIERTO EN ALOE VERA 2016.
• Participación en la feria AGROEMPRESARIAL y rueda de negocios en el concejo municipal plaza de bolívar municipio de Calarcá. Proyecto SPIN-OFF empresa institucional ALOE VERA 2016.
• Participación en la rueda de negocios AGROEMPRESARIAL organizada por la secretaria de agricultura y secretaria de educación, en cabeza de la gobernación del Quindío, ubicada en la institución educativa Baudilio Montoya, con la visita de diferentes empresarios nacionales e internacionales, en cabeza del Señor TULIO GÓMEZ presidente de la cadena SUPERINTER 2016.
• Participación feria internacional ONDAS realizado en la Universidad Nacional de Colombia, en la ciudad de Bogotá, donde se presentaron los diferentes proyectos encabezados por la institución educativa, gracias a ello, realizaron un informe en la revista ONDAS 15 años, contando todos los proyectos que se llevan en marcha 2016.
• Participación feria AGROINDUSTRIAL productos transformados en línea de FRUVER y CARNIOS, generando valores agregados en los productos, y contando con la visita del comité nacional de cafeteros 2016.
• Participación en el programa televisivo la GRANJA DE HOY, especializada en procesos agroindustriales de parte del canal caracol 2016.
• Participación feria institucional SENA; presentación de diferentes líneas de productos CÁRNICOS, LÁCTEOS y FRUVER, empresa ALOE VIDA 2016.
• Participación en las publicaciones 1, 2, 3, 4 y 5 del Magazín Innovación Social de la Universidad del Quindío y Gobernación del Quindío 2016.
• Participación en el libro de COLCIENCIAS "Vidas y Ciencia" - Ondas 15 años, el cual recoge la experiencia de 41 jóvenes que están dedicando su vida a la ciencia, la investigación y la transformación de su mundo. Un espacio para inspirarnos y comprender el poder de la ciencia. Participación especial Institución Educativa Baudilio Montoya 2017.
• Participación en la feria de la ciencia municipal, con el proyecto “jugando con las matemáticas”, el cual, busca estimular y desarrollar en los estudiantes del grado primero, los diferentes pensamientos matemáticos (numéricos, aleatorios, espacial y geométricos) por medio del juego, colocando en práctica unas estrategias  de enseñanza que motiven a aprender realizando actividades prácticas, donde puedan ayudar a su diario vivir y reduzca el rechazo y los bajos logros obtenidos en el aprendizaje.